Ninja Hienonen työskentelee tohtorikoulutettavana HEAssa ja projektipäällikkönä Koulutuksen, arvioinnin ja oppimisen tutkimusryhmässä (REAL). Ninja on kiinnostunut koulutusjärjestelmän eri tasoista ja siitä, miten ne ovat yhteydessä oppilaiden kognitiivisiin suorituksiin ja asenteisiin. Tutkimuksessaan hän on keskittynyt viime aikoina luokkakoon ja luokanmuodostuksen kysymyksiin sekä oppimisen ja koulunkäynnin tuen järjestelmään. Lisäksi Ninja opettaa kvantitatiivisia menetelmiä kasvatustieteiden maisteriohjelmassa.