Ninja Hienonen työskentelee tutkijatohtorina Helsingin yliopistossa, projektipäällikkönä Tampereen yliopistossa ja on molemmissa rooleissa aktiivisesti osana REALia. Ninja on kiinnostunut koulutusjärjestelmän eri tasoista ja siitä, miten ne ovat yhteydessä oppilaiden kognitiivisiin suorituksiin ja asenteisiin. Tutkimuksessaan hän on keskittynyt viime aikoina luokkakoon ja luokanmuodostuksen kysymyksiin sekä oppimisen ja koulunkäynnin tuen järjestelmään. Lisäksi Ninja on kiinnostunut kvantitatiivisista menetelmistä kasvatustieteellisessä tutkimuksessa.